Wersje rozpoznawcze i bombowe Pierwszą wersją rozpoznawczą, skierowaną do produkcji w 1969 roku był MiG-25R – samolot rozpoznania fotograficznego i radioelektronicznego ogólnego. Wyposażony był w zestaw aparatów fotograficznych do zdjęć w dzień (ogólnych i szczegółowych) lub zamiennie w nocy oraz wyposażenie do rozpoznawania stacji radiolokacyjnych pracujących impulsowo (stacje rozpoznawcze SRS-6 lub SRS-7). Wymienne stacje rozpoznawcze różniły się zakresami długości fal wykrywanych radarów i mogły rozpoznawać radary w odległości do 450 km w bok od trasy samolotu, z błędem kołowym lokalizacji od 10 do 30 km. Do fotografowania nocnego mógł przenosić osiem bomb błyskowych FOTAB-100-80. Produkowany był w latach 1969-71.
Ulepszonym wariantem o zwiększonych możliwościach stał się rozpoznawczo-bombowy MiG-25RB, produkowany w latach 1971-73. Oprócz wyposażenia rozpoznawczego, mógł on przenosić do ośmiu bomb o masie 500 kg na czterech zamkach pod skrzydłami i kadłubem, których zrzutem kierował system automatyczny SUSAB. Mógł on zrzucać bomby lecąc na wysokości 20 km z prędkością 2500 km/h, w tym przypadku następowało to na 38,8 km przed celem.