Drugą kabinę instruktora umieszczono niżej w przebudowanym nosie kadłuba.
Do rodziny samolotów rozpoznawczo-bombowych należał też wariant przełamywania obrony powietrznej MiG-25BM, uzbrojony w cztery samonaprowadzające się pociski przeciwradarowe Ch-58UM i wyposażony w aparaturę Sycz-M wykrywającą stacje radiolokacyjne i programującą pociski. Zachowano na nim też możliwość przenoszenia bomb, z aparaturą Peleng-2M. Produkowany był w latach 1982-85 w liczbie 40 sztuk, a oficjalnie przyjęty na uzbrojenie w 1988 roku.
Istniały też małoseryjne wersje specjalistyczne powstające jedynie w drodze przebudowy samolotów wcześniejszych wersji. MiG-25MR był samolotem rozpoznania meteorologicznego (kilka sztuk powstałych z przebudowy RB). MiG-25RR była wersją rozpoznania radiacyjnego, powstałą z przebudowy RBW, wyposażoną m.in. w zasobnik analizujący skażenie powietrza.
Wersje myśliwskie Produkcja seryjna wersji myśliwskiej MiG-25P (P od pieriechwatczyk – myśliwiec przechwytujący) rozpoczęła się w zakładzie w Gorkim w 1971 roku. Formalnie przyjęto ją na uzbrojenie 13 kwietnia 1972 roku, a w 1973 roku ukończono próby wojskowe.