W końcu XX wieku rozpoczęto badania w dziedzinie metagenomiki, co doprowadziło do rozpoczęcia realizacji programu Human Microbiome Project (2007–2006, tzw. drugi Human Genome Project), skierowanego na poznanie bioty człowieka, jej zmian i znaczenia dla zachowania zdrowia (np. mikrobiom układu oddechowego, mikrobiom jelit).
Miarą współczesnej popularności epidemiologii klinicznej jako specjalności lekarskiej jest np. liczba odpowiedzi na zapytanie Clinical epidemiologist w Google Scholar. Na liście czołowe miejsca zajmują naukowcy, których artykuły były cytowane 3,5–4,5 tysiąca razy.
Podstawowe problemy Epidemiologia ułatwia praktyczną działalność pracowników placówek ochrony zdrowia (lekarze, pielęgniarki, fizjoterapeuci i in.) umożliwiając podejmowanie decyzji klinicznych na podstawach naukowych, z wykorzystaniem danych z baz epidemiologicznych. Epidemiolodzy kliniczni poszukują w nich odpowiedzi pytania skupione wokół kilku głównych zagadnień, wśród których są próby uściślenia pojęć: norma i nieprawidłowości, dokładność testów diagnostycznych, naturalna historia choroby i prognozowanie dalszego przebiegu, skuteczność leczenia, profilaktyka w praktyce klinicznej.