Podczas kampanii wschodnioafrykańskiej Godwin-Austen dowodził 2 Dywizją Afrykańską (przemianowaną na 12 Dywizję Afrykańską) w ramach East Africa Force, dowodzonych przez generała porucznika Alana Cunninghama, w jej natarciu z Kenii na Włoską Afrykę Wschodnią. Jego dywizja najechała na Somali Włoskie 11 lutego i pod koniec lutego odniosła zdecydowane zwycięstwo nad siłami włoskimi pod Gelib. Po zajęciu Mogadiszu Cunningham skierował swoje siły w głąb lądu przez pustynię Ogaden do Etiopii i wkroczył do Addis Abeby 6 kwietnia.
Pod koniec kampanii został awansowany na swoje ostatnie stanowisko bojowe, prowadząc Western Desert Force (które stały się XIII Korpusem) w kampanii północnoafrykańskiej. Podczas operacji Crusader głośno sprzeciwiał się sugestii gen. Alana Cunninghama, dowodzącego już 8 Armią, a więc ponownie jego bezpośredniego przełożonego, aby po niepowodzeniu ofensywy wojsk niemiecko-włoskich oddziały brytyjskie przeszły do obrony. Ówczesny głównodowodzący na Bliskim Wschodzie, gen. Claude Auchinleck, zdecydował się kontynuować ofensywę;