Przedmiotem jej badań jest europejska historia konstytucyjna od XII do XXI w., w tym współczesna historia integracji europejskiej, historia sądów najwyższej instancji, rzymsko-kanoniczne prawo spadkowe w średniowiecznych niemieckich źródłach prawa, a także historia idei w XVIII w.
Miała znaczący wkład w powstanie podręczników „German Legal History”, „Encyclopaedia of Modern Age” i „Oxford International Encyclopaedia of Legal History”. Jest współautorką „Grundlagen der Rechtswissenschaft” (Fundamenty prawoznawstwa), wraz z i wydanej przez .
Jest orędowniczką utrzymania dyscyplin historycznych w edukacji prawniczej, promuje badania interdyscyplinarne oraz międzynarodową wymianę myśli i promocję doktorantów.
Nagrody i wyróżnienia Ulrike Müßig została uhonorowana Bayerischer Habilitationsförderpreis (Bawarską nagrodą za rozprawę habilitacyjną) w 1996 r., Preis der Unterfränkischen Gedenkjahresstiftung für Wissenschaft (nagrodą Dolnofrankońskiej Fundacji Roku Pamięci dla Nauki) w 1997 r. oraz Nagrodą Heisenberga DFG (Niemieckiej Wspólnoty Badawczej) w 2000 r. W 2008 roku została nominowana do nagrody Gerdy Henkel. Od 2014 r. jest członkiem korespondentem Ilustre Sociedad Andaluza de Estudios Histórico-Jurídicos (Znamienitego Andaluzyjskiego Towarzystwa Studiów Historyczno-Prawnych). W 2013 r.