Struktura organizacyjna W skład ministerstwa wchodzi Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące jednostki organizacyjne: Departament Bezpieczeństwa Departament Budżetu Departament Edukacji i Komunikacji Departament Funduszy Europejskich Departament Geologii Departament Gospodarki Odpadami Departament Informatyzacji Departament Innowacji i Efektywności Energetyczne Departament Instrumentów Środowiskowych Departament Leśnictwa i Łowiectwa Departament Ochrony Powietrza i Negocjacji Klimatycznych Departament Ochrony Przyrody Departament Odnawialnych Źródeł Energii Departament Prawny Departament Spraw Międzynarodowych Departament Strategii i Odporności Klimatycznej Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Finansowe Biuro Kontroli i Audytu Biuro Ministra Biuro Zarządzania Kapitałem Ludzkim.
Organy podległe ministrowi lub przez niego nadzorowane: Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska Główny Inspektor Ochrony Środowiska Prezes Państwowej Agencji Atomistyki