Głównymi zmianami w stosunku do poprzedniej serii były: instalacja wyrzutni torpedowych i działa pokładowego, zwiększenie mocy i niezawodności siłowni, oraz wzrost prędkości i zasięgu jednostki, kosztem rezygnacji z możliwości łatwego transportu kolejowego (ze względu na powiększone rozmiary).
Przyszły UC-46 zamówiony został 20 listopada 1915 roku jako jednostka z II serii okrętów typu UC II (numer projektu 41 nadany przez Inspektorat U-Bootów), w ramach wojennego programu rozbudowy floty. Został zbudowany w stoczni AG Weser w Bremie jako jeden z trzech okrętów II serii zamówionych w tej wytwórni. UC-46 otrzymał numer stoczniowy 256 (Werk 256). Stępkę okrętu położono 1 lutego 1916 roku, a zwodowany został 15 lipca 1916 roku.
Dane taktyczno-techniczne SM UC-46 był średniej wielkości przybrzeżnym okrętem podwodnym o konstrukcji dwukadłubowej. Długość całkowita wynosiła 51,85 metra, szerokość 5,22 metra i zanurzenie 3,67 metra. Wykonany ze stali kadłub sztywny miał 39,3 metra długości i 3,61 metra szerokości, a wysokość (od stępki do szczytu kiosku) wynosiła 7,46 metra. Wyporność w położeniu nawodnym wynosiła 420 ton, a w zanurzeniu 502 tony.