W niewielkich ilościach występuje dąb, jesion, modrzew i osika.
Rośliny chronione występujące na obszarze nadleśnictwa to: zimoziół północny, rosiczki, lilia złotogłów, sasanka otwarta, kosaciec syberyjski, tajęża jednostronna, szmaciak gałęzisty, sromotnik bezwstydny, granicznik płucnik.
Fauna Fauna obszaru nadleśnictwa jest bardzo bogata.
Odnotowano 119 gatunków ptaków (72 gniazdujących), w tym rzadkie gatunki jak głuszec i puchacz. Inne spotykane ptaki to cietrzew, jarząbek, gil, droździk, włochatka, orzechówka, kwiczoł, gągoł, nurogęś. W okresie zimowym pojawiają się gatunki przelotne: myszołów włochaty, jer, jemiołuszka, gęś zbożowa i białoczelna.
Występują też chronione gatunki zwierząt: wilk szary, ryś euroazjatycki, wydra europejska oraz populacje łosia euroazjatyckiego i jelenia szlachetnego.
Ochrona przyrody thumb|200px|Rezerwat przyrody Perkuć Duża część obszaru nadleśnictwa jest objęta różnymi formami ochrony. Prawie wszystkie grunty leśne wchodzą w skład Obszaru Specjalnej Ochrony Natura 2000 na mocy Dyrektywy Ptasiej. Ponad 12 tys. ha obejmuje Obszar Chronionego Krajobrazu "Puszcza i Jeziora Augustowskie". 36,9% powierzchni leśnej stanowią lasy ochronne ogólnego i specjalnego przeznaczenia.