Andrzej Korsak aktywnie uczestniczył w konspiracji w rejonie Nowego Sącza i pomocy ludności żydowskiej. Był członkiem Szarych Szeregów, używał pseudonimów „Aczek” i „Żuraw”. We wspomnieniach napisał: „Zdawałem sobie sprawę, że puszczenie pary z ust nie tylko może narazić wielu ludzi na pewną śmierć, ale skazałoby mnie na okropne, stokroć większe męczarnie”.
W latach 1941–1944 uczestniczył, razem z matką, w Akcji N. Aby uniknąć aresztowania przez Gestapo wyjechał w 1944 do Warszawy i pod pseudonimem „Żuraw” wziął udział w Powstaniu Warszawskim jako żołnierz AK pułku „Baszta” (batalion „Olza”). Został odznaczony Krzyżem Walecznych.
W latach 1945–1949 był członkiem Męskiego Hufca ZHP w Nowym Sączu. W 1948 uzyskał maturę w I Liceum Ogólnokształcącym im, Jana Długosza w Nowym Sączu, jednej z najstarszych (1818) szkól w Polsce. W tym samym roku został przyjęty na studia medycyny w Uniwersytecie i Politechnice we Wrocławiu, które ukończył na Uniwersytecie Jagiellońskim dopiero w 1960. W 1951 został razem z Aleksandrem Seniutą (ps. „Krzysztof”) aresztowany i skazany na 8 lat więzienia pod zarzutem przynależności na terenie Wrocławia do organizacji podziemnej Armii Krajowej. Obniżony po amnestii wyrok czterech lat w całości odbył (1951–1954) w ciężkim więzieniu w Strzelcach Opolskich.