Park Narodowy „Bory Tucholskie”, Charzykowy 2003 Czerwona lista porostów zagrożonych w Borach Tucholskich. Monographiae Botanicae 91, 2003 Protected lichens in the Bory Tucholskie Forest (N Poland) and threats to them. Ithaca: Mycotaxon Ltd. 2006 Lichenologia i lichenolodzy w Polsce. Gorzów Wlkp. 2012, współautor Lichen protection – protected lichen species. 2012, redaktor i współautor The role of symbiosis in the transition of some eukaryotes from aquatic to terrestrial environments. Symbiosis 65(2), 2015
Ważne miejsce w twórczości naukowej i popularyzatorskiej Ludwika Lipnickiego zajmują monografie przyrodnicze przeznaczone dla szerokiego kręgu odbiorców. Niektóre spośród nich:
Przyroda gminy Drezdenko. Drezdenko 2006, redaktor i współautor Przyroda gminy Skwierzyna. Skwierzyna 2009, redaktor i współautor Drzewa i Krzewy Drezdenka. Drezdenko 2017; wyróżnienie Nagrodą Rektora UAM w Poznaniu za najlepszą książkę popularnonaukową 2017 Kręgi Kamienne w Odrach. Goci i porosty. Charzykowy 2019, współautor