W 1663 biskup Juan Caramasa zarządził odbudowanie kościoła od fundamentów. Koszty miały zostać pokryte wspólnie z dochodów własnych oraz kaplicy Wniebowzięcia „Għajn Meddew” w Xagħrze. W 1715 wielki mistrz zakonu św. Jana Ramon Perellos zbudował wokół kaplicy rodzaj małego fortu, otaczając go fosą z mostem zwodzonym. Powodem tego były częste wówczas ataki piratów berberyjskich na wyspę. Sam kościół był kilkakrotnie ich celem. Bardzo szybko, bo w 1730 wynikła potrzeba zebrania pieniędzy na wykonanie napraw w kaplicy. Tym razem uczynił to ks. Mattew Spiteri, proboszcz z Xagħry. Obraz tytularny w tym kościele był najprawdopodobniej dziełem Marii de Dominici.
Ale już około 150 lat później kaplica była w tak złym stanie, że biskup Pietro Pace po swej wizycie w 1878 nakazał jej odbudowanie w nowym miejscu oraz powiększenie. Działkę pod nowy kościół przekazał rząd, architektem świątyni był Antonio Giardina, zaś budowniczym Ġuże Vella z Żebbuġ. Poświęcenie ukończonego kościoła przez biskupa Pace, oraz nadanie mu wezwania św. Pawła Rozbitka nastąpiło w sierpniu 1879. Wcześniej wzmiankowany stary obraz tytularny pędzla Marii de Dominici biskup przekazał . Powtórnie kościół poświęcił biskup Mikiel Gonzi 12 września 1939.