W celu konsolidacji sił 23 września 1918 roku w Ufie zwołano Państwową Konferencję, bardziej znaną jako Dyrektoriat Ufy, na której podjęto kolektywną decyzję o przekazaniu władzy najwyższej Wszechrosyjskiemu Rządowi Tymczasowemu do czasu zwołania Zgromadzenia Konstytucyjnego. 18 listopada 1918 roku A. Kołczak dokonał zamachu stanu i ogłosił się Najwyższym Władcą Rosji i Najwyższym Naczelnym Dowódcą Sił Zbrojnych Rosji. Admirał Kołczak nie uznawał autonomii baszkirskiej. Wszystkim lokalnym rządom zaproponowano ogłoszenie samolikwidacji. W ten sposób Baszkirzy i Kozacy znaleźli się w trudnej sytuacji. W warunkach rozpoczętego odwrotu do Syberii wojsk Kołczaka, pozostali bez wsparcia w obliczu nadciągających sił Armii Czerwonej. Przywódcy Baszkirskiej Autonomii byli zmuszeni rozpocząć negocjacje z Sowietami. 18 lutego 1919 roku Baszkirski rząd i Baszkirski korpus przeszli na stronę ZSRR.
20 marca 1919 roku zawarto „Porozumienie Rządu Robotniczo-Chłopskiego Rosji z Rządem Baszkirskim o autonomii radzieckiej Baszkirii”. Oficjalną datą powstania Baszkirskiej Republiki Radzieckiej jest 23 marca 1919 roku.
W latach 1918–1921 rozpoczęły się masowe antybolszewickie wystąpienia chłopów, wywołane niezadowoleniem z polityki władzy radzieckiej.