Następnie wyjechał do Rzymu, gdzie przez sześć lat był definitoremdoradcą generała zakonu przy Kurii Generalnej Zakonu Braci Mniejszych. Później z polecenia papieża pełnił misje dyplomatyczne w Rzymie i różnych krajach Ameryki. W 1910 papież Pius X powierzył mu trudną misję w MeksykuStolica Apostolska od 1867 nie utrzymywała oficjalnych stosunków dyplomatycznych z Meksykiem, podczas wybuchu rewolucji meksykańskiej i związanych z nią prześladowań Kościoła. O. Bottaro y Hers pełnił tę misję w ubraniu świeckim, ze względu na prawo zakazujące używania stroju duchownego w Meksyku.
Arcybiskup Buenos Aires Po śmierci poprzedniego arcybiskupa Buenos Aires Mariano Antonio Espinosy w 1923, prezydent Argentyny Marcelo Torcuato de Alvear zaproponował własną listę kandydatów na stołeczną katedrę, która jednak została odrzucona przez papieża Piusa XI. Konflikt spowodował ponad trzyletni wakat na stanowisku arcybiskupa Buenos Aires. Zakończył on się w 1926, gdy zaproponowano kandydaturę o. Bottaro y Hersa, będącą do przyjęcia zarówno przez Watykan jak i argentyński rząd. O. Bottaro y Hers był jedynym arcybiskupem Buenos Aires w historii, który w chwili nominacji nie pełnił żadnej funkcji biskupiejPrzed nominacją na katedrę w Buenos Aires biskupami nie byli także hierarchowie sprzed wyniesienia Buenos Aires do rangi stolicy archidiecezji.