W 2005 roku, gdy zmienił się rząd, prezydent Kurmanbek Bakijew próbował renegocjować warunki umowy, grożąc uchyleniem koncesji. Podpisane w kwietniu 2009 roku nowe porozumienie dało Kirgistanowi 33% udziału w akcjach kopalni, a firma Centerra miała zapłacić około 22,4 milionów dolarów zaległych podatków. Podobnie jednak jak poprzednio, ówczesny rząd był podejrzany o czerpanie nielegalnych zysków ze sprzedaży złota. Po obaleniu prezydenta Bakijewa w 2010 roku pojawiły się wnioski o upaństwowienie kopalni w Kumtorze. W 2010 roku premier Omurbek Babanow przekazał kopalni 16 000 gruntów. Decyzja ta została unieważniona w 2012 roku przez nowy rząd na wniosek komisji sejmowej badającej działalność kopalni. W 2018 roku premier Muchammedkałyj Abyłgazijew zapowiedział zamknięcie kopalni w 2026 roku.
We wrześniu 2020 kopalnia przekazała 1 milion dolarów Ministerstwu Zdrowia Kirgistanu na walkę z koronawirusem COVID-19.