Prototyp zostaje jednak zniszczony, gdy Maverick próbuje lecieć szybciej. Iceman ponownie ratuje karierę Mavericka, wysyłając go do Naval Air Station North Island.
Marynarka ma za zadanie zniszczyć niesankcjonowany zakład wzbogacania uranu, umiejscowiony w głębokiej depresji na końcu kanionu we wrogim państwie. Bronią go działa przeciwlotnicze, zakłócacze GPS oraz myśliwce piątej generacji. Maverick obmyśla plan ataku przy użyciu dwóch par myśliwców F-18. Dowiaduje się, że jego zadaniem jest wyszkolenie elitarnej grupy absolwentów Top Gun, zebranych przez admirała floty Beau „Cyclone” Simpsona.
Maverick próbuje zdobyć szacunek swoich podopiecznych. Kapitanowie Jake „Hangman” Seresin i Bradley „Rooster” Bradshaw – syn zmarłego przyjaciela Mavericka, porucznika Nicka „Goose’a” Bradshawa – ścierają się. Roosterowi nie podoba się swobodna postawa Hangmana, natomiast Hangman krytykuje zbyt ostrożne latanie Roostera. Maverick zaczyna spotykać się ze swoją byłą dziewczyną, Penny Benjamin, której ujawnia, że tuż przed śmiercią matka Roostera kazała mu obiecać, że nie pozwoli Roosterowi zostać pilotem. Bradley, nie wiedząc o obietnicy, dzieli urazę do Mavericka za utrudnianie jego kariery wojskowej i obwinia go za śmierć ojca.