Adaptacja w formie telewizyjnego serialu anime została ogłoszona w 51. numerze magazynu „Shūkan Shōnen Jump”, wydanego 19 listopada 2018. Seria została zanimowana przez studio TMS Entertainment i wyreżyserowana przez Shinyę Iino. Za scenariusz odpowiadał Yuichiro Kido, za projekty postaci Yuko Iwasa, zaś muzykę skomponowali Tatsuya Kato, Hiroaki Tsutsumi i Yuki Kanesaka. Emisja rozpoczęła się 5 lipca i zakończyła 13 grudnia 2019, licząc 24 odcinki. W Polsce serial emitowany jest na antenie Canal+ Seriale od 29 sierpnia 2024.
Po zakończeniu pierwszego sezonu zapowiedziano kontynuację serialu. Drugi sezon, zatytułowany Dr. Stone: Stone Wars, był emitowany od 14 stycznia do 25 marca 2021 i liczył 11 odcinków.
Po emisji ostatniego odcinka drugiego sezonu ogłoszono powstanie sequela. Podczas wydarzenia Jump Festa 2022 ujawniono, że trzeci sezon będzie miał premierę w 2023 roku. Dodatkowo, 10 lipca 2022 odbyła się premiera odcinka specjalnego zatytułowanego Dr. Stone: Ryusui, który skupiał się na postaci Ryusuia Nanamiego. Za jego reżyserię odpowiadał Shūhei Matsushita. Po emisji odcinka ujawniono, że tytuł trzeciego sezonu to Dr. Stone: New World.