2018 manga zajęła 15. miejsce w kategorii dla chłopców, natomiast w rankingu z roku 2019 uplasowała się na miejscu 17. W 2018 roku Dr. Stone był jednym z tytułów polecanych przez jury w dziale mangi podczas 21. edycji Japan Media Arts Festival. Manga została także nominowana do 54. nagrody Seiun w kategorii najlepszy komiks w 2023 roku.
W kwietniu 2021 manga liczyła ponad 10 milionów egzemplarzy w obiegu. Do lipca 2022 liczba ta wzrosła do 14 milionów, natomiast w grudniu tego samego roku wynosiła już ponad 15 milionów. W ankiecie Manga Sōsenkyo 2021, w której 150 000 osób głosowało na 100 najlepszych mang, Dr. Stone zajął 100. miejsce. Barnes & Noble wymieniło serię na liście „naszych ulubionych mang z 2018 roku”.
Przed powstaniem adaptacji anime, Nicholas Dupree z Anime News Network umieścił Dr. Stone’a na swojej liście „Najbardziej niedocenianych mang Shōnen Jumpa”. Dupree napisał, że seria jest pełna zaskakująco dokładnych faktów na temat chemii i inżynierii, dodatkowo komentując: „Mnóstwo mang Jumpa może wygłaszać pełne pasji przemówienia o sile przyjaźni lub determinacji, ale tylko Dr. Stone może zrobić to samo odnośnie mocy żarówki”. Manga została dobrze przyjęta także ze względu na oryginalność jej założenia w porównaniu z wieloma innymi tytułami z gatunku postapokaliptycznego.