Krytyka towarzystw naukowych Polskie Towarzystwo Pediatryczne w oświadczeniu wystosowanym do prezesa Rady Ministrów, prezydenta oraz ministra zdrowia wyraziło sprzeciw wobec orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, uznając je za „szkodliwe dla zdrowia publicznego”. Według PTP, wyrok Trybunału „nie tylko nie spowoduje oczekiwanej ochrony życia dzieci, lecz wprost przeciwnie przyczyni się do wzrostu liczby nielegalnie wykonywanych niemedycznych aborcji powodując wzrost zgonów młodych kobiet w następstwie powikłań tych zabiegów”, a także ograniczy dostęp do opieki położniczej i perinatalnej „co doprowadzi do niekontrolowanego wzrostu zgonów oraz niepełnosprawności wskutek powikłań okołoporodowych matek i dzieci”.
Do wyroku Trybunału Konstytucyjnego odniósł się Komitet Bioetyki Polskiej Akademii Nauk, który negatywnie ocenił zarówno sam werdykt, jak i okoliczności, w których został on wydany. W specjalnym stanowisku stwierdzono, iż nie jest on wyrokiem „za życiem”, gdyż stwarza on „realne zagrożenie dla życia i zdrowia tysięcy kobiet”; ponadto w opinii Komitetu godzi on „w godność i autonomię kobiet i mężczyzn”, a jego konsekwencjami może być ograniczenie dostępu do badań prenatalnych oraz osłabienie zaufania obywateli do państwa. Stanowisko zostało przyjęte w drodze głosowania, w którym wzięło udział 27 członków Komitetu: „za” głosowało 25 członków, „przeciw” – 2.