W 1887 roku wrócił do Lipska, gdzie objął stanowisko dyrektora muzycznego uniwersytetu. Dyrygował chórem Riedelverein (1888−1897) i orkiestrą akademicką (1890−1895), był też współzałożycielem Neue Bach-Gesellschaft (1900). W 1904 roku wyjechał do Berlina, gdzie otrzymał profesurę na uniwersytecie. Od 1909 do 1920 roku był dyrektorem berlińskiej Hochschule für Musik. W latach 1912−1920 był redaktorem Denkmäler deutscher Tonkunst.
Twórczość Był głównym obok Arnolda Scheringa twórcą hermeneutyki muzycznej. Ujmował muzykę jako wyraz, ekspresję, środek przekazywania idei, uczuć, przeżyć, afektów. Rozpatrywał kompozycje muzyczne w szerokim kontekście historyczno-kulturowym. Hermeneutykę ujmował w opisie głównych współczynników formy i ich treści pozamuzycznej, interpretował muzykę w interwałach tworzących motywy i tematach, z których wywodził interpretację afektywną całego utworu. Polemizował z absolutnym ujęciem muzyki, traktowaniem jej jako sztuki autonomicznej i czystej formy. Jako dyrygent i pedagog próbował wcielać swoje idee w życie, przybliżając muzykę szerokiemu gronu słuchaczy.