W 1999 roku przeprowadzono restrukturyzację MPK Wrocław i Zakłady Napraw Tramwajów wydzielono do spółki pracowniczej RMT Protram. Największym zleceniem była modernizacja wrocławskich tramwajów 105Na do standardu 105NWr. W 2007 r. Protram wyprodukował sześć doczep do 105Na dla Szczecina. Później dla Krakowa zbudowano pojedynczy pięcioczłonowy tramwaj 405N. Zakład prowadził także modernizacje taboru 105Na dla sieci w Poznaniu, Gdańsku, Katowicach i Łodzi − ponad 300 wagonów, większość dla Wrocławia.
W 2004 r. powstał pierwszy nowy produkt: Protram 204WrAs, a w 2006 r. opracowano trzyczłonowy częściowo niskopodłogowy tramwaj Protram 205WrAs. W 2009 r. zaprojektowano model Protram 206 z 70% niskiej podłogi, jednak z braku środków nigdy nie zbudowano prototypu.
Zakład zatrudniał 58 pracowników, w tym 15 w pionie technicznym i administracyjnym - pozostali to wykwalifikowani pracownicy, w większości przejęci z byłego Zakładu Napraw Tramwajów.