W tym samym czasie juniorzy Pilicy trenowani przez Adama Bolka po raz drugi w historii klubu awansują do ligi makroregionalnej, obejmującej województwa: radomskie, kieleckie i tarnobrzeskie.
XXI wiek mały|Pilica Białobrzegi 2018 Na początku XXI wieku klub stał się jednosekcyjny. Piłkarze Pilicy przez kilka lat grali w lidze okręgowej. Po utworzeniu Mazowieckiej Ligi Seniorów (V liga) Pilica z powodzeniem rywalizuje na tym szczeblu rozgrywek. 2004 roku wywalcza drugi w historii awans do IV ligi mazowieckiej. Wychowanek Pilicy, bramkarz Sebastian Przyrowski zadebiutował na boiskach ekstraklasy w zespole Groclinu Grodzisk Wielkopolski. Później Przyrowski grał również w Polonii Warszawa, Górniku Zabrze, klubach greckich. Jako jedyny z wychowanków Pilicy zagrał w pierwszej reprezentacji Polski. Rozegrał w niej 9 oficjalnych meczów. Kolejnym zawodnikiem Pilicy, który wystąpił w ekstraklasie został Bartłomiej Niedziela, który z Pilicy przeszedł do Jagiellonii Białystok.