Kategoria ciężka 1 marca 2003 zmierzył się z mistrzem świata WBA w kategorii ciężkiej, Johnem Ruizem. Jones Jr. pokonał Ruiza i został drugim bokserem w historii (pierwszym był Bob Fitzsimmons 106 lat wcześniej), który zdobył tytuły mistrza świata w kategorii średniej i ciężkiej. Jones Jr. nigdy nie bronił swojego nowego pasa mistrzowskiego.
Powrót do kategorii półciężkiej 8 listopada 2003 zmierzył się z Antonio Tarverem, który przejął po Jonesie Jr. pas mistrzowski WBC. Walka zakończyła się zwycięstwem Jonesa jr. decyzją większości na punkty. 15 maja 2004 doszło do pojedynku rewanżowego obu pięściarzy. Tym razem lepszy okazał się Tarver, który już w drugiej rundzie pojedynczym ciosem lewą ręką znokautował rywala. Jones Jr. zdołał wstać, jednak był zbyt oszołomiony i sędzia był zmuszony przerwać pojedynek.
25 września 2004 doznał kolejnej porażki – w pojedynku o pas mistrzowski IBF został ciężko znokautowany w dziewiątej rundzie przez Glena Johnsona. Po tej porażce Jones Jr. miał roczną przerwę w boksowaniu. Powrócił 1 października 2005 w trzecim pojedynku z Tarverem, przegrał jednak na punkty jednogłośną decyzją sędziów.