Po zakończeniu II wojny światowej otrzymał polecenia uruchomienia Państwowej Wytwórni Optycznej w Jeleniej Górze (wcześniej Hirschberger Optische Werke), którą następnie kierował. Po roku powrócił do Warszawy, gdzie ponownie objął stanowisko kierownicze w PZO, a następnie został dyrektorem i głównym inżynierem. Podczas jego kadencji PZO produkowało ponad 150 wyrobów z zakresu mikroskopii, geodezji, spektroskopii, medycyny oraz sprzętu obronnego. Równocześnie prowadził zajęcia na kursach dokształcających prowadzonych przez NOT, dla których opracował skrypty. Równocześnie od 1953 związany był z Politechniką Warszawską, gdzie wykładał przedmiot Przyrządy Optyczne na Wydziale Mechaniki Precyzyjnej. W 1958 powierzono mu kierownictwo w Centralnym Laboratorium Aparatury Pomiarowej i Optycznej, od 1963 poświęcił się pracy dydaktycznej. W 1974 przeszedł na emeryturę.
Jan Matysiak był inicjatorem i współautorem prac naukowo-badawczych dotyczących odwzorowania optycznego, projektował i konstruował urządzenia dla przemysłu optycznego m.in. dalmierz artyleryjski. Pełnił funkcję prodziekana i dziekana Wydziału Mechaniki Precyzyjnej, był wicedyrektorem Instytutu Konstrukcji Przyrządów Precyzyjnych i Optycznych, członek komisji rektorskich.