Zwłaszcza pojęcie Kościoła jako sakramentu zbawienia:
Ojciec Schillebeeckx OP pisał o tym w książce wydanej w 1959 r.: Chrystus, Sakrament spotkania z Bogiem.
Jednak późniejsze nauczanie, zwłaszcza od czasu wydania jego kolejnej książki Jezus: Eksperyment chrystologiczny (wyd. holenderskie 1974), spotkało się ze sprzeciwami ze strony Kongregacji Nauki Wiary. Kongregacja zakwestionowała ortodoksyjność jego interpretacji zmartwychwstania Chrystusa. Schillebeeckx został w tej sprawie wezwany przez Stolicę Apostolską, by wyjaśnić swoje stanowisko.
Wydana w 1980 r. kolejna jego książka, tym razem o posłudze duchownych w Kościele, The Ministry in the Church, spotkała się z zastrzeżeniami Kongregacji jako zawierająca poglądy protestanckie. Również jego poglądy zawarte w książce The Church with a Human Face (Kościół z ludzką twarzą), wydanej w 1985 r., stały się obiektem krytyki Kongregacji. Schillebeeckx argumentował bowiem, że przesłanki biblijno-historyczne wskazują, że katolickie święcenia kapłańskie niekoniecznie czerpią swą ważność z sukcesji apostolskiej i mogą być udzielane w oderwaniu od niej. Według autora, wybór kapłana oraz, w konsekwencji, sprawowanie Eucharystii jest zależne od lokalnej wspólnoty kościelnejPor.