Servet odpierał te zarzuty, stwierdzając że opisywał Palestynę dzisiejszą, a nie z czasów Mojżesza, gdy była krainą niezwykle urodzajną.
Dzięki swoim rozległym zainteresowaniom i wiedzy, Servet został nazwany przez pewnego historyka „jednym z najtęższych umysłów w dziejach, człowiekiem, który przyczynił się do rozwoju wiedzy".
Spotkania z Kalwinem Mieszkając w Paryżu, Servet prawdopodobnie po raz pierwszy spotkał Jana Kalwina. Obaj byli wtedy jeszcze dość młodymi ludźmi. Wkrótce stali się swoimi największymi adwersarzami. Gdy w Vienne zajmował się drukiem swoich dzieł na temat Trójcy Kalwin postanowił poprzez kardynała de Tournona wydać Serveta w ręce katolickich inkwizytorów.
Udało mu się jednak zbiec z więzienia (katoliccy inkwizytorzy ostatecznie spalili na stosie symbolicznie jego kukłę), lecz gdy przybył do Genewy, gdzie Kalwin i jego zwolennicy sprawowali autorytarne rządy, został rozpoznany i ponownie wtrącony do więzienia pod zarzutem bluźnierstwa. Wytoczono mu proces, podczas którego prowadził z Kalwinem dysputy na temat wiary. Ostatecznie Servet został skazany na śmierć. Pokornie prosił o wykonanie wyroku przez ścięcie mieczem uważając, że męczarnie mogłyby doprowadzić go do zwątpienia, i tym samym zgubić jego duszę. Został jednak skazany na spalenie na stosie. Na głowę nałożono mu wieniec nasączony siarką.