Jego determinacja w próbie uzyskania tych list stała się przyczyną negatywnych konsekwencji zawodowych – została cofnięta mu delegacja do sądu okręgowego, zredukowano mu pensję o 40%, a jego przełożony Maciej Nawacki odsunął go od wykonywania obowiązków służbowych. Europejski Trybunał Praw Człowieka wyrokiem z dnia 6 października 2022 uznał powyższe działania za złamanie art. 6, 8 oraz 18 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka.

17 grudnia 2021 Sąd Rejonowy w Bydgoszczy nieprawomocnie orzekł, że Paweł Juszczyszyn został bezprawnie zawieszony w pełnionych obowiązkach, jako że Izba Dyscyplinarna nie spełnia standardów sądu; wskutek uprzedniego wydania prawomocnego zabezpieczenia 20 grudnia wiceprezes Sądu Rejonowego w Olsztynie Krzysztof Krygielski (pełniący tymczasowo obowiązki prezesa sądu po tym, jak 17 grudnia upłynęła kadencja prezesa Nawackiego) przywrócił Juszczyszyna do orzekania. Tego samego dnia do olsztyńskiego sądu wpłynęło faksem pismo z Ministerstwa Sprawiedliwości, zgodnie z którym na drugą kadencję prezesa sądu powołany został Nawacki. Nowo wybrany prezes uchylił zarządzenie Krygielskiego, uzasadniając, że decyzja ws. Juszczyszyna wykraczała poza kompetencje wiceprezesa sądu.