Jej prace służą opracowywaniu szczepionek i środków przeciwdrobnoustrojowych ograniczających przenoszenie patogenów wirusowych i bakteryjnych.
Iwasaki zidentyfikowała rolę autofagii we wrodzonym rozpoznawaniu wirusów i prezentacji antygenu przez komórki dendrytyczne. W tym mechanizmie materiał wirusowy trafia do endosomu, gdzie jest rozpoznawany przez receptor toll-podobny 7 (). W odniesieniu do wirusa opryszczki pospolitej wykazała także, że komórki dendrytyczne rozpoznają go przy udziale receptorów TLR9 i TLR2, co prowadzi do odpowiedzi interleukinowej.
Iwasaki i Haina Shin opracowały strategię szczepień o nazwie Prime and Pull. Polega ona najpierw na zastosowaniu konwencjonalnej szczepionki, która wywołuje ogólnoustrojową odpowiedź limfocytów T („prime”), a następnie na miejscowym podaniu chemokin, które rekrutują aktywowane limfocyty T („pull”). Strategię tę zastosowano w badaniach nad terapeutyczną szczepionką przeciw nawracającym zakażeniom wirusem opryszczki pospolitej (HSV).
Badania zespołu Iwasaki wskazują, że temperatura wpływa na wrodzoną odpowiedź przeciwwirusową w komórkach dróg oddechowych.