Jego konserwatywne podejście do klasyfikacji zostało później skrytykowane przez Marinusa Antona Donka, który napisał: „Terror, jaki Lloyd szerzył wśród mykologów z Ameryki Północnej i za granicą, wyśmiewając wszystko, co przypominało mu o taksonomicznych innowacjach w systematyce grzybów ... nie został jeszcze całkowicie przezwyciężony. Jego niechlujne metody taksonomiczne zostały przyjęte jako standardowe przez niektórych jego korespondentów”.
Lloyd większą część drugiej połowy swojej kariery poświęcił pracy nad grzybami poliporoidalnymi z których zgromadził obszerną kolekcję opisaną później przez Josiaha L. Lowe’a jako „bez wątpienia najlepsze pojedyncze źródło informacji o gatunkach na świecie”. Kolekcja liczyła około 60 tysięcy eksykatów. Szczególnie dużo w niej jest eksponatów z grup Gasteromycetes, Polyporaceae, Thelephoraceae, podziemne Ascomycetes i Pyrenomycetes. W ciągu swego życia Lloyd opisał ponad tysiąc nowych gatunków grzybów.
Założył czasopismo The Bulletin of the Lloyd Library. Wyszło 26 jego numerów; sześć z nich zostało