Zmiana nazwy W 2006 władze uczelni zdecydowały o wprowadzeniu nowej nazwy. Nazwa została uzupełniona o wyraz ALMAMER. Pochodzi ono z łacińskiego wyrażenia Alma Mater, które dosłownie znaczy „Matka Karmicielka”. Drugi człon nazwy nawiązuje do założyciela uczelni – dr. Janusza Merskiego. Wraz z nazwą zdecydowano się na zmianę znaku graficznego uczelni. Nowy znak graficzny wykorzystywał gotycką tarczę heraldyczną z XIV wieku, w którą wpisana została pierwsza litera nowej nazwy.
W styczniu 2011 zdecydowano się na kolejną zmianę nazwy uczelni. Zgodnie z decyzją Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 27 stycznia 2011, ALMAMER Wyższa Szkoła Ekonomiczna w Warszawie rozpoczęła procedurę zmiany nazwy na ALMAMER Szkoła Wyższa. Nowa nazwa zaczęła obowiązywać od kwietnia 2011.
Zakończenie działalności Wraz ze spadkiem liczby studentów o ponad jedną czwartą, uczelnia zaczęła mieć problemy z utrzymywaniem płynności finansowej, czego skutkiem było zaprzestanie użytkowania części budynków od 2012Kiedyś popularna szkoła wyższa, dzisiaj wielki śmietnik. Pamiętacie to miejsce?. Pierwsze dokładniejsze informacje o kłopotach ALMAMERu ujawniono w 2014. Do Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego wpłynęło wówczas zawiadomienie od jednego z byłych wykładowców.