Krzysztof Kochański na łamach „Tygodnika Kulturalnego” skupił się na warstwie plastycznej filmu, w którym – w porównaniu z jaskrawymi filmami hollywoodzkimi – kolorystyka jest szarożółta, a monumentalne budowle są ukazane w stanie rozpadu. Jerzy Płażewski docenił również surowość samych wnętrz pałacowych. Części krytyków taka forma jednak się nie podobała: Janusz Gazda w scenach kobiecych dostrzegł tradycyjny dla kina kostiumowego „regularny strip-tease”, a Krzysztof Teodor Toeplitz uznał, że Faraon „zatrzymał się gdzieś w przejściu pomiędzy filmem wielkich ambicji a filmem wielkiej produkcji”.
Kontrowersje w ocenach krytyków wzbudzała wymowa filmu. Część krytyków, zgodnie z intencjami Kawalerowicza, upatrywała w konflikcie Ramzesa z Herhorem starcie równorzędnych postaci, inni zaś doszukiwali się w nim opowiedzenia się po jednej ze stron. Zdaniem Andrzeja Kijowskiego spłyceniu i jednoznacznej pozytywnej interpretacji uległa postać Ramzesa, który w intencji Bolesława Prusa miał uosabiać starożytnego romantyka zderzonego z przemysłową cywilizacją, której uosobieniem miał być starożytny Egipt. Anna Tatarkiewicz zarzuciła Kawalerowiczowi pominięcie w filmie tych elementów, które czyniły z pierwowzoru literackiego polemikę z Trylogią Henryka Sienkiewicza.