thumb|Struktura komplexu COX-1 z flurbiprofenem thumb|Struktura kompleksu COX-2 z inhibitorem Cyklooksygenaza (, COX, EC 1.14.99.1) – enzym odpowiedzialny za powstawanie związków chemicznych będących miejscowymi informatorami komórkowymi. Jako substratu używa on kwasu arachidonowego. Kwas arachidonowy uzyskuje dzięki enzymowi fosfolipazie A2, która odłącza arachidonian (sól kwasu arachidonowego) wbudowany w błonę komórkową, zwykle w pozycji 2 fosfolipidu błonowego. thumb|center|Mechanizm reakcji katalizowanej przez cyklooksygenazę Cyklooksygenaza jest enzymem katalizującym przemiany fosfolipidów błony komórkowej, prowadząc do powstawania prostanoidów obejmujących: prostaglandyny (PG), prostacykliny (PGI) i tromboksany (TXA). Same prostaglandyny stanowią całą rodzinę, w której główne grupy oznacza się symbolami od PGA do PGF.
Stosowany od dawna kwas acetylosalicylowy (aspiryna) hamuje aktywność cyklooksygenazy, uniemożliwiając syntezę prostaglandyn, co w konsekwencji prowadzi do zmniejszenia objawów stanu zapalnego.