u Morganucodon te zagłębienia rozdzielał duży guzek na koronie, który u Kalaallitkigun był węższy, umożliwiając połączenie zagłębień. Jednocześnie jednak zagłębienie środkowe między dwoma rzędami guzków na powierzchni korony zęba trzonowego było u Haramiyavia szersze, a guzki z rzędu na powierzchni dojęzykowej korony zęba trzonowego – większe niż u Kalaallitkigun. Inaczej niż u cynodontów z grupy Mammaliamorpha nienależących do ssakokształtnych (z wyjątkiem przedstawicieli rodziny Tritylodontidae oraz rodzajów Mitredon i Meurthodon) u Kalaallitkigun doszło w zębach trzonowych do podziału korzenia. Kalaallitkigun jest najstarszym znanym ssakokształtnym, którego zęby trzonowe miały dwa korzenie (przed jego odkryciem najstarszymi znanymi ssakokształtnymi z zębami trzonowymi z dwoma korzeniami były morganukodonty i haramiidy żyjące w późnym noryku i w retyku).
Z przeprowadzonej przez Suleja i współpracowników (2020) analizy filogenetycznej (opartej na macierzy danych z analizy Huttenlockera i współpracowników z 2018 roku) wynika, że Kalaallitkigun należał do haramiidów i był najbliżej spokrewniony z rodzajami Haramiyavia i Thomasia. Z analizy autorów opisu K.