Opracowane przez niego oprogramowanie zyskało na tyle dużą popularność, że w 1995 roku zdecydował się na założenie własnego przedsiębiorstwa nazwanego AhnLab, zlokalizowanego w Seulu, oferującego oprogramowanie zabezpieczające. W 1997 roku, po ukończeniu studiów podyplomowych z zarządzania na University of Pennsylvania, zrezygnował z praktyki lekarskiej i skoncentrował się na rozwijaniu AhnLab. Firma zdobyła znaczny udział w południowokoreańskim rynku oprogramowania antywirusowego, rozpoczęła również ekspansję na rynku chińskim i japońskim. W 2001 roku zadebiutowała na giełdzie KOSDAQ. W 2005 roku Ahn Cheol-soo zrezygnował z bezpośredniego kierowania AhnLabem, pozostając przewodniczącym jego rady nadzorczej. W latach 2005–2010 był dyrektorem, a od 2010 do 2011 roku prezesem zarządu koncernu metalurgicznego POSCO.
Znaczna popularność i rozpoznawalność Ahna Cheol-soo spowodowały, że zaczął być wymieniany jako potencjalny kandydat na burmistrza Seulu przed wyborami w 2006 roku. W kolejnych wyborach w 2011 roku publicznie poinformował o tym, że rozważa kandydowanie. Mimo znacznego poparcia w sondażach nie zdecydował się na udział w wyborach, ale poparł niezależnego kandydata Park Won-soona.