The Smashing Pumpkins W roku 1987 Iha, wówczas gitarzysta w chicagowskim zespole Snake Train, spotkał Billy’ego Corgana za pośrednictwem swojego znajomego. Obaj postanowili założyć nową grupę, którą nazwali The Smashing Pumpkins. Iha pozostał jej członkiem aż do rozpadu w roku 2000.
Wkrótce Iha przeżył romans z basistką grupy, D’arcy Wretzky, jednak para zerwała ze sobą tuż przed występem zespołu na Reading Festival w 1992 roku. Mimo tego ostatecznie utrzymali ze sobą bliską znajomość, zaś sam Iha nazywa Wretzky swoją najlepszą przyjaciółką.Billy Corgan, „The Blogs of Pumpkins", 23 kwietnia 2005.
Iha napisał i zaśpiewał wiele piosenek The Smashing Pumpkins, w tym „Blew Away” (Pisces Iscariot), „Bugg Superstar” (Vieuphoria), „Take Me Down” (Mellon Collie and the Infinite Sadness), „...Said Sadly”, „Believe”, „The Boy”, „The Bells” (The Aeroplane Flies High), „Summer” (singel „Perfect”) i „Go” (Machina II/The Friends & Enemies of Modern Music). Razem z Corganem jest również współautorem takich utworów, jak „I Am One” (Gish), „Soma”, „Mayonaise” (Siamese Dream), „Plume” (Pisces Iscariot) oraz „Farewell and Goodnight” (Mellon Collie and the Infinite Sadness). Użyczył także wokalu w coverach utworów „A Night Like This” (The Cure) i „Terrapin” (Syd Barrett).