Pierwszym zwierzchnikiem domu misyjnego był ojciec Piotr Fabrycy.
Jezuici z Torunia działali także w Grudziądzu, gdzie w 1599 roku jeden z ojców głosił kazania i udzielał sakramentu spowiedzi oraz nawrócił blisko stu protestantów na wiarę katolicką.
W 1600 roku protestanci wzniecili rozruch w mieście w celu wygnania jezuitów.
W 1606 roku Wawrzyniec Gembicki, biskup chełmiński, otrzymał od króla Zygmunta III przywilej na otworzenie szkoły w Toruniu. W tym też roku jezuici zostali wypędzeni z Torunia przez protestantów.
W 1607 roku na mocy konstytucji sejmowej Restitutio expulsionis Societatis Jesu do Kościoła i Szkoły Toruńskiej jezuici powrócili do Torunia.
W 1611 roku jezuici otrzymali przywilej królewski na otwieranie szkół w Toruniu. W tym też roku ksieni Magdalena Mortęska ofiarowała 4 tysiące złotych na zakup willi dla jezuitów.
Jezuici w lutym 1612 roku otworzyli klasy gramatykalne, natomiast we wrześniu tego roku mimo niechęci mieszczan toruńskich, otworzyli humaniora a w rok później zaczęli nauczać retoryki, w czym nie doznali przeszkody od protestantów, gdyż ci obawiali się skonfederowanych wojsk Aleksandra Zborowskiego.