Lata wielkiej wojny północnej były dla jezuitów toruńskich bardzo trudne. W 1703 roku Toruń został zajęty przez wojska szwedzkie. W latach 1703–1704 folwarki jezuitów toruńskich płaciły Szwedom kontrybucję. W 1705 roku wojska szwedzkie opuściły Toruń, jednak powróciły do niego w 1706 roku. W 1707 roku wojska moskiewskie zajęły Toruń.
W latach 1712–1719 w Toruniu stacjonowała załoga sasko-moskiewska pod wodzą Borisa Szeremietiewa, który bronił jezuitów przed szykanami ze stron władz miasta.
W 1716 roku Chryzostom Gniazdowski, jeden z dowódców konfederacji tarnogrodzkiej, chciał rozpocząć oblężenie Torunia obsadzonego przez załogę sasko-moskiewską, jednak rektor jezuicki Samuel Ozga odwiódł go od tego pomysłu, tłumacząc mu, że trwają rozmowy pacyfikacyjne i że Sasi będą zmuszeni i tak opuścić miasto, więc lepiej będzie nie powodować więcej zniszczeń i zaniechać oblężenia.
W 1724 wybuchły zamieszki znane też jako tumult toruński, podczas których zaatakowano kolegium jezuickie.