W 1611 roku jezuici nabyli obszerny ogród na północnym skraju Nowego Miasta, na skarpie nad Narwią, gdzie rozpoczęli budowę własnych obiektów.
Placówka niezależna („rezydencja”) od kolegium w Pułtusku powstała w Łomży 1 lutego 1612 roku, jednak szkołę otwarto dopiero 5 września 1614 roku dzięki wsparciu materialnemu opata przemęckiego Adama Nowodworskiego380 lat Szkoły Średniej..., s. 12–13.. W 1616 roku szkoła osiągnęła pełny poziom szkoły średniej i zaczęto określać ją mianem kolegium, a niekiedy gimnazjum.
W 1638 roku dyrektorem szkoły był Andrzej Bobola380 lat Szkoły Średniej…, s. 13–14.. Początkowo szkoła miała 2 klasy, następnie 4, a w roku 1644 została utworzona klasa retoryki, czyniąc ze szkoły prawdziwą szkołę średnią. Wkrótce w szkole zaczęło rozwijać się życie kulturalno-naukowe. W tym czasie powstał Teatr Szkolny, Sodalicja Mariańska, bursa dla ubogich studentów, chór szkolny, koła samokształceniowe oraz biblioteka380 lat Szkoły Średniej…, s.14,34-35..