W maju 1939 wygłosił w Zurychu wykład na temat lwowskiego pół-sanatorium akademickiego, pierwszej instytucji tego rodzaju na świecie.
Okres wojny i powojenny Gdy Armia Czerwona 22 września 1939 zajęła Lwów, pozostał asystentem oddziału gruźliczego Kliniki Chorób Wewnętrznych Państwowego Instytutu Medycznego we Lwowie (wydzielonego z przedwojennych struktur Uniwersytetu Jana Kazimierza). W czasie okupacji niemieckiej Lwowa (1941–1944) również nadal pracował w szpitalu.
Należał do Związku Walki Zbrojnej a następnie do AK (pseudonimy: „Kołek”, Profesor”). Prowadził tajne szkolenie pielęgniarek, w swoim gabinecie lekarskim urządził punkt przerzutowy środków opatrunkowych dla partyzantów.
Przez okres okupacji wiele czasu zajmowała mu muzyka, w tym gra na skrzypcach, którą kontynuował od lat dziecinnych. W mieszkaniu Heleny Bruchnalskiej (przy ul. Zyblikiewicza 5) urządzał tajne środowe koncerty muzyki poważnej.