Sprzedaż Do 7 września zamówienia w przedsprzedaży na Super Mario 3D All-Stars sprawiły, że stała się ona drugą najlepiej sprzedającą się grą roku 2020 na Amazon w Stanach Zjednoczonych, zaraz po Animal Crossing: New Horizons. Gra była odsprzedawana poprzez zamówienia w przedsprzedaży na witrynach internetowych, takich jak eBay, sięgające nawet 1000zł. Base.com, sprzedawca online w Wielkiej Brytanii, został zmuszony do anulowania wszystkich zamówień przedpremierowych swoich klientów, ponieważ przydzielenie fizycznych gier nie wystarczyło do realizacji zamówień przedpremierowych. Dodali, że Nintendo i ich dystrybutorzy w Wielkiej Brytanii „nie byli w stanie dać… żadnego zapewnienia”, że więcej kopii zostanie im udostępnionych w okresie wyprzedaży.
W pierwszym tygodniu od premiery Super Mario 3D All-Stars było najlepiej sprzedającą się grą w Wielkiej Brytanii i była trzecią co do wielkości premierą gry w 2020 roku i piątą najszybciej sprzedającą się grą Switch w kraju. W Japonii gra sprzedała się w ponad 210 tys. fizycznych kopii w ciągu pierwszych trzech dni od premiery. W Stanach Zjednoczonych Super Mario 3D All-Stars była drugą najlepiej sprzedającą się grą września za Marvel's Avengers i 10 najlepiej sprzedającą się grą roku 2020.