Biskup wyposażył kościół we wszystkie potrzebne rzeczy, w tym ołtarz i obraz nad nim. Obraz ten przedstawia Ucieczkę Świętej Rodziny do Egiptu i jest przypisywany włoskiemu malarzowi (1544–1614). Jednak niektórzy eksperci są zdania, że autorem obrazu może być artysta z północy Europy, zwłaszcza, że przedstawia on skandynawski krajobraz. Końcem lat 70. XX wieku obraz został odrestaurowany i znajduje się teraz w muzeum katedralnym; jego miejsce zajął obraz Ċensu Cordiny o tej samej tematyce. W styczniu 1693, w wyniku trzęsienia ziemi na Sycylii kościół św. Józefa został mocno uszkodzony, włącznie z zawaleniem się dachu. Po tej katastrofie został opuszczony i popadł w ruinę. Odbudowa i porzucenie Ponad 200 lat później, w 1930 losem zabytku zainteresował się Harry Charles Luke, wicegubernator wysp maltańskich. Poświęcił się on renowacji i konserwacji budynków o wartości historycznej. Wśród nich odrestaurował również niektóre budynki w Cittadelli, między innymi Casa Bondì, w której dziś mieści się Muzeum Archeologii Gozo. Kiedy w 1937 rozpoczęto prace renowacyjne przy kościele św. Józefa, wyjechał z Malty.