Produkcja BioWare zadedykowało grę Danielowi Walkerowi, drugiemu pracownikowi firmy, który zmarł w 1999 rokuBlack Isle Studios (2000). Instrukcja Baldur’s Gate II: Cienie Amn s.2. Baldur’s Gate była pierwszą grą cRPG stworzoną przez BioWare i to, czego nauczyli się podczas produkcji, zostało zaaplikowane podczas tworzenia kontynuacjiBlack Isle Studios (2000). Instrukcja Baldur’s Gate II: Cienie Amn s.4. Jednocześnie twórcy stwierdzili, że nie mieli wystarczającej ilości czasu na wykonanie wszystkich założeń z powodu jednoczesnej pracy nad samą grą i jej silnikiem. Podczas pracy nad Baldur’s Gate 2 uzgodniono, że pracownicy powinni mieć „tyle czasu, żeby osiągnąć pełny potencjał”. Podczas tworzenia skupiono się na „zapewnieniu, że kontynuacja będzie lepsza w każdym możliwym zakresie od pierwowzoru”. Drugim celem było nie tylko stworzenie gry dla obecnych fanów, ale udostępnienie jej nowym graczom.

Prace rozpoczęły się w styczniu 1999 roku. Bazując na sugestiach graczy, recenzjach Baldur’s Gate i pomysłach producentów stworzona została lista z konstruktywną krytyką. Z niej powstała krótsza wersja z rzeczami, które miały pojawić się w grze.