W 2003 syberyjskie wspólnoty oddzieliły się od macierzystego kościoła estońskiego, organizując się w niezależny związek wyznaniowy. Biskupem nowego kościoła został ks. Wsjewołod Łytkin, konsekrowany przez arcybiskupa Estońskiego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego ks. Andresa Põdera. Współkonsekratorami zostali biskup Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła Litwy ks. Mindaugas Sabutis, arcybiskup Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła Łotwy ks. Jānis Vanags oraz arcybiskup-senior estońskiego kościoła ks. Einar Soone.
W 2010 oficjalnie nawiązano współpracę z Kościołem Luterańskim Synodu Missouri, uwieńczoną ogłoszeniem w 2013 wspólnoty ołtarza i ambony.
Wiara i działalność Kościół odwołuje się do konfesyjnego prądu teologicznego w luteranizmie. Całe jego nauczanie oparte jest na Piśmie Świętym, będącym jedynym wyznacznikiem wiary chrześcijańskiej. Luterańskie rozumienie Biblii znalazło odzwierciedlenie w pismach religijnych wchodzących w skład księgi zgody. W centrum życia Kościoła znajdują się liturgia, Słowo Boże oraz sakramenty.