W 1924 roku dowódcą jednostki był por. mar. Stefan Jacynicz. 1 maja 1925 roku ORP „Generał Szeptycki” rozpoczął kampanię letnią. W nocy 19 czerwca podczas remontu na okręcie wybuchł pożar, który jednak nie spowodował poważniejszych zniszczeń. Po zakończeniu remontu, w dniach 20–25 lipca jednostka uczestniczyła w strzelaniu artyleryjskim. W lecie „Generałowi Szeptyckiemu” przydzielono pozyskany z Morskiego Dywizjonu Lotniczego ślizgacz typu Farman. Od 30 października jednostkę przeniesiono w stan konserwacji, a na jej pokładzie pozostawiono załogę szkieletową.
W 1927 roku „Generał Szeptycki” został przyporządkowany do 1. dywizjonu bojowego Flotylli. Jego dowódcą był w tym czasie por. mar. Czesław Resiński, a prócz niego na pokładzie przebywało 23 podoficerów i marynarzy. Okręt uczestniczył czynnie w kampanii 1927 roku, rozpoczynając ją 1 maja i kończąc dopiero 20 grudnia. Kampania letnia 1928 roku rozpoczęła się dla statku minowego w dniu 1 kwietnia (wraz z należącymi do 1. dywizjonu monitorami OORP „Kraków” i „Wilno” i motorówkami M 5, M 22, M 23 i M 24), a jej zakończenie odbyło się 15 października. Załoga jednostki składała się wówczas z dwóch oficerów oraz 25 podoficerów i marynarzy.