jeszcze przed Pearl Harbor, we wrześniu 1941, jego wniosek o paszport został odrzucony przez Departament Stanu z powodu odnotowanych pronazistowskich poglądów. Jego komentarze po Pearl Harbor i związana z przystąpieniem USA do wojny zmiana nastrojów społecznych dały rządowi możliwość ograniczenia jego politycznej aktywności. W 1942 agenci FBI zorganizowali nalot na kościół Coughlina i skonfiskowali wszystkie księgi parafialne oraz osobiste papiery. Podczas śledztwa prokurator generalny Francis Biddle argumentował, że pismo Coughlina "Social Justice" powtarza w USA linię wrogiej propagandy prowadzonej przeciwko krajowi z zagranicy. Amerykańskie władze pozwoliły Coughlinowi kontynuować wydawanie jego pisma, jednak zakazały mu używania poczty w celu rozpowszechniania go. Wkrótce potem publikacja została przerwana. W tym samym roku katolicka hierarchia nakazała mu zaprzestać nadawanie, a arcybiskup Detroit Edward Mooney nakazał Coughlinowi zaprzestać wszelkiej nie-duszpasterskiej działalności pod rygorem suspensy. Pozostał na stanowisku duszpasterza Świątyni Małego Kwiatu w Detroit do przejścia na emeryturę w 1966.