Jest autorem kilkunastu utworów, w tym: O Crux (2014) na chór mieszany a capella, Godzina Miłosierdzia (2017) na chór, orkiestrę symfoniczną i baryton solo, Preludium, Adagietto i Tocatta (2018) na orkiestrę symfoniczną i organy oraz cyklu Freski Mariackie, na który składają się antyfony maryjne wypisane przez Jana Matejkę na murach bazyliki Mariackiej w Krakowie: Ave Maria (2016), Sub Tuum praesidium (2020), Salve Regina (2023) i Ave Regina caelorum (2023). Ponadto skomponował muzykę do dwóch pieśni kościelnych zawartych w Śpiewniku Siedleckiego - Gdy pasterze już odeszli oraz Oddany Maryi.
Od 2017 pełni funkcję rzeczoznawcy Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w specjalizacji organy piszczałkowe.
Organmistrzostwo Po ukończeniu studiów został powołany przez kard. Stanisława Dziwisza do Archidiecezjalnej Komisji ds. Muzyki Kościelnej, w ramach której brał udział w kilkudziesięciu remontach i przebudowach organów w archidiecezji krakowskiej. Koordynował również proces budowy organów w sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie. Ostatecznie, firma Zych stworzyła 73-głosowy instrument wykonany według jego koncepcji. Krzysztof Michałek nadzorował również proces budowy nowych, 62-głosowych organów w bazylice Mariackiej, a także odbudowę barokowych, 54-głosowych organów Michaela Englera w bazylice pw. św.