Na ojczysty archipelag powrócił w 1894, jednak nie pozostał tam na długo. Oskarżony o związki z rewolucyjnym tajnym sprzysiężeniem Katipunan, został uwięziony w manilskim Forte Santiago (1896), gdzie był poddawany torturom. Niedługo później deportowano go do Hiszpanii (1897) i osadzony w madryckim więzieniu Modelo. Na Filipiny powrócił w 1898, założył pismo „La independencia”. Jego wcześniej zdobyte doświadczenie w zakresie wojskowości i taktyki uczyniło zeń cenne wsparcie dla filipińskich władz rewolucyjnych. Szybko stał się jedną z czołowych postaci wojny filipińsko-amerykańskiej, doszedł do stopnia generała brygady. Ceniony za swoje zdolności w prowadzeniu wojny partyzanckiej. W przemówieniu wygłoszonym w stulecie jego urodzin prezydent Ferdinand Marcos zauważył, że jego dokonania w tym zakresie można zestawić z Mao Zedongiem, Vo Nguyem Giapem czy Ho Chi Minhem. Był jednym z uczestników Kongresu w Malolos (1898). Pełnił również funkcję dziekana wydziału farmacji krótko istniejącego Universidad Literaria de Filipinas. Położył podwaliny pod formację intelektualną filipińskich sił zbrojnych, jako założyciel Academia Militar, prekursorki Filipińskiej Akademii Wojskowej.