Czasy powojenne Bezpośrednio po zakończeniu II wojny światowej utworzona została organizacja Evangelische Hilfswerk, która pomagała uchodźcom, budowała nowe mieszkania, wspierała osoby starsze oraz uczniów. Centrala organizacji położona była w Stuttgarcie. Posiadała jednak biura w poszczególnych kościołach regionalnych, w Bawarii połączyła się w 1948 z Misją Wewnętrzną.
8 lipca 1948 w Eisenach powołano Zjednoczony Kościół Ewangelicko-Luterański (niem. Vereinigte Evangelisch-Lutherische Kirche), który utworzyło osiem kościołów członkowskich, w tym Kościół Ewangelicko-Luterański Bawarii. Biskupem-przewodniczącym nowego związku kościołów został bawarski biskup Hans Meiser. Wspólnota weszła również w skład nowo powstałego Kościoła Ewangelickiego w Niemczech.
Nowym biskupem Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego Bawarii został w 1955 Hermann Dietzfelbinger. Odmówił on wprowadzenia ordynacji kobiet, uważając, że byłby to krok w złym kierunku, utrudniający relacje ekumeniczne z innymi kościołami. Od 1958 zezwolono jednak na wybieranie kobiet jako delegatów na Synod.