W 1570 rozpoczęła się jego odbudowa, a do miasta sprowadzono jezuitów, aby prowadzili szkołę i wspierali kontrreformację; rozpoczęto także zabiegi o uniezależnienie się od biskupów Moguncji i Würzburga.
W 1626 przeprowadzona została kolejna reforma klasztoru, na mocy której oddzielono pochodzących z możnych rodów kanoników kapituły od pozostałych zakonników. W 1632 klasztor zdobyły wojska szwedzkie i trafił w ręce protestanckiego landgrafa Hesji-Kassel Wilhelma V Stałego. W tym okresie z klasztoru wywieziono bezcenną bibliotekę. Po dwóch latach mnisi wrócili, a po zakończeniu wojny trzydziestoletniej rozpoczęli odbudowę gospodarczą. W latach 1702–1714 zbudowano nowy, barokowy kościół klasztorny, zaprojektowany przez Johanna Dientzenhofera. W 1734 z połączenia szkół klasztornych i jezuickich powstał uniwersytet, z inicjatywy opatów także w mieście powstało wiele nowych budowli. W 1744 uroczyście obchodzono tysiąclecie opactwa. W 1752 papież Benedykt XIV podniósł opatów do rangi biskupów, a tutejsza kapituła stała się kapitułą katedralną – granice biskupstwa pokrywały się z granicami dóbr klasztoru.