Opracowywanie pangenomów – narzędzia i procedury Narzędzia Roary – szybkie narzędzie do wyodrębniania pełnych pangenomów, podstawowych zestawów genów lub różnic między genomami referencyjnymi panX – analiza pangenomów i wizualizacja internetowa PanOCT – uwzględnia zarówno homologię genów, jak i konserwatywne sąsiedztwa genów OrthoMCL – ekstrakcja genomów rdzenia itp. LS-BSR – szybkie porównanie zawartości genetycznej dużej liczby genomów PanPhlAn – wykrywanie kompozycji genów szczepów w próbkach środowiskowych WGS w oparciu o pangenomy.
Różnorodność między genomami często przejawia się w postaci drzew a ich zdecydowana większość konstruowana jest celem ostatecznej rekonstrukcji ewolucji, a także w naukach stosowanych, takich jak medycyna czy nauki rolnicze jako analiza funkcjonalna.
Procedura Drzewa genomu są tworzone na podstawie odległości między profilami pangenomu. Używamy względnej odległości Manhattanu, tj. odległości między genomem i i k wynosi:
Gdzie n to całkowita liczba rodzin genów, Wj to ciężar właściwy danej rodziny genów, a W to suma tych wag. Domyślnie Wj= 1 dla wszystkich j, ale niektóre geny mogą mieć obniżoną wagę, jak opisano poniżej. Odległość ta opisuje odsetek pangenomu, w którym różnią się genomy i i k.