Po śmierci Kühna jego raporty z prac doświadczalnych w instytucie rolniczym były kontynuowane jako „Archiwum Kühna”, które przekształciło się w jedno z najbardziej szanowanych czasopism specjalistycznych w niemieckich naukach rolniczych. W latach 1911–1971 opublikowano łącznie 85 tomów.
1 października 1909 „Ojciec Kühn”, jak go nazywali jego uczniowie, przeszedł na emeryturę. Przez prawie pięć dekad odegrał decydującą rolę w rozwoju nauk rolniczych w Niemczech. Jego instytut w Halle stał się wzorem dla niektórych instytutów rolniczych założonych na innych uniwersytetach.
Przy nazwach naukowych utworzonych przez niego taksonów dodawany jest skrót jego nazwiska J.G. Kühn. Uczczono go także jego nazwiskiem nazywając utworzony w 2008 roku instytut badawczy (Instytut Juliusa Kühna).
Przypisy